Nors multivitaminai paprastai laikomi teigiamu kasdienybės papildymu, gali pasireikšti tam tikras šalutinis poveikis. Dažniausias multivitaminų šalutinis poveikis dažnai yra pykinimas, vidurių užkietėjimas ir viduriavimas. Kai kuriems žmonėms taip pat gali pasireikšti alerginė reakcija; pagrindiniai jo požymiai dažniausiai yra dusulys, dilgėlinė, niežulys ir veido, lūpų ar liežuvio patinimas. Kai kurie multivitaminuose esantys mineralai turi dar sunkesnį šalutinį poveikį, pvz., tulžies akmenligę, širdies užsikimšimą, inkstų akmenis ir organų nepakankamumą.
Kai kurie šalutiniai multivitaminų poveikiai yra laikini ir praeina laikui bėgant, kai organizmas prisitaiko prie vitamino. Pavyzdžiui, kai kurie žmonės pirmą kartą išgėrę multivitaminų patiria pykinimą, vidurių užkietėjimą ar viduriavimą. Pavyzdžiui, multivitaminai, kurių sudėtyje yra geležies, keičia išmatų spalvą. Šis šalutinis multivitaminų poveikis paprastai nereikalauja, kad vartotojai nustotų vartoti, nebent jie išnyksta praėjus kuriam laikui po jų įtraukimo į kasdienę rutiną.
Multivitaminai turi rimtesnį šalutinį poveikį, kuris nėra laikomas normaliu, todėl nutraukus vitamino vartojimą reikia nedelsiant pranešti apie tai gydytojui. Dauguma jų yra susiję su atsitiktiniu vitaminų perdozavimu, šiek tiek įprasta, nes dauguma žmonių nežino tinkamos dozės arba mano, kad yra per daug vitaminų. Pavyzdžiui, kalcio perdozavimas gali sukelti tulžies akmenų, inkstų akmenų ir širdies problemų, o kartu su tipišku multivitaminų šalutiniu poveikiu, pvz., vidurių užkietėjimu ir pykinimu. Kalio perteklius gali sukelti širdies užsikimšimą, ir tai tik keletas mineralų, kurie dažnai sukelia medicininių problemų, kai iš karto suvartojama per daug.
Kai kurie žmonės gali pastebėti, kad yra alergiški tam tikriems mineralams, esantiems jų multivitaminuose. Tai gali būti neaišku, kol neatsiras specifinių dusulio ar krūtinės spaudimo simptomų. Nors šie nerimą keliantys šalutiniai multivitaminų poveikiai yra gana rimti, gali atsirasti ir mažiau akivaizdžių reakcijų. Dilgėlinė, niežulys ir odos bėrimas, taip pat burnos, liežuvio ir lūpų patinimas yra alergijos multivitaminams požymiai. Deja, kai vartojate multivitaminus, gali būti sunku išsiaiškinti, kuris mineralas sukelia alergiją, nes kiekviename papilde jų yra nemažai.
Genai, kurie sukelia silpnumą